三上悠亚 在线av 2022单细胞组学海外研讨会(SCO Beijing)告捷结束(附学术总结)

发布日期:2024-11-07 22:46    点击次数:165

三上悠亚 在线av 2022单细胞组学海外研讨会(SCO Beijing)告捷结束(附学术总结)

  2022年10月14日,由北京畴昔基因会诊高精尖创新中心(ICG)、北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)共同主持的“2022单细胞组学海外研讨会(线上)”告捷结束。单细胞组学海外会议系列2019年由谢晓亮、黄岩谊、汤富酬三位种植在北京大学共同发起,于今已历四届。单细胞组学海外会议系列奋发于全面呈现全球单细胞组学界限的最新技巧开导和科研后果三上悠亚 在线av,不停加强我国同海外上在揣度界限接头的交发配合,握续扩大我国在单细胞组学高通量测序技巧界限的海外影响力。

  

  为了让全球不雅众实时、快捷浏览会议揣度信息,本届研讨会重磅推出官方网站平台——SCO Beijing(招引:https://www.scomics.org/),涵盖会议日程、往届讲者先容、云展中心等板块本体,为全球网友全办法提供SCO Beijing的揣度会议信息。本次研讨积存焦单细胞基因组学、单细胞转录组学、单细胞表不雅基因组学及单细胞基因组三维结构、单细胞卵白质组学、单细胞生物信息学、单细胞组学新技巧、单细胞组学应用于免疫学、单细胞组学应用于癌症、单细胞组学应用于神经科学等议题。24位海外驰名单细胞基因组学巨匠循序展示各自实验室的最新接头进展,为国表里学者孝敬了一场亮点纷呈的学术大餐。据统计,全球共有13000东谈主次通过SCO Beijing官网在线不雅看这次会议,官网点赞跳跃52000次。

  13日上昼,谢晓亮种植代表会议主席团关心接待了在线的诸位讲者嘉宾和雄壮不雅众。在开幕辞中,他暗示本年是单细胞组学海外研讨会系列的第四届,信赖诸位不雅众定能看到一场最前沿、顶端的单细胞基因组学科研后果共享嘉会。他提到,经讲者应许后,SCO Beijing官网后续会播出直播回放视频,感酷爱的不雅众不错关注后续更新。终末,他但愿本次会议能延续前三届的盛况,再次孝敬出一场难忘的学术盛宴,祝贺环球在会上充分交流,成绩满满!

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  来自Stanford University的Stephen Quake种植当先先容了单细胞转录组学的发展史。从PCR出身运转,接头东谈主员们就试图从细胞中赢得RNA转录信息。2003年,揣度学者用微阵列来检测单细胞cDNA文库,2006年测出了单细胞中成千的转录本,2009年已毕了用NGS测序技巧对卵母细胞和囊胚的单细胞转录组测序。现在,Stephen Quake课题组利用单细胞转录组技巧,以小鼠、果蝇、白额卷尾猴和东谈主行动接头对象,开展软弱等方面的接头。2022年,Stephen Quake课题组在《当然》杂志上发表了对于单细胞层面的异质异体共生技巧的分子钤记接头,通过放慢或逆转软弱过程,裁汰疾病风险,闭幕泄漏,细胞类型的基因抒发变化与软弱进程一致。此外,他们课题组在《科学》杂志上发表了果蝇的成虫单核转录组细胞图谱揣度究后果,揭示了转录因子在特化亚型方面的作用。

  来自Allen Institute for Brain Science的Hongkui Zeng种植系统先容了其团队与配合者在小鼠、非东谈主灵长类以及东谈主类大脑中坚决细胞类型并接头其情势学、生理学相反的多项职责。他们利用高通量单细胞转录组测序,比较了小鼠与东谈主类大脑中的细胞类型相反,同期揭示了大脑皮层不同区域的神经元类型的散布相反。利用Patch-seq方法,他们接头了大脑皮层不同深度层面神经元的转录组、情势学以及电生理脾气的相反。Hongkui Zeng种植还论说了BICCN(BRAIN Initiative Cell Census Network)谋划,先容其团队利用单细胞转录组测序、MERFISH等技巧对小鼠全脑细胞的分类学接头后果。

  来自University of Washington的Steve Henikoff种植先容了染色质修饰方面的最新进展。他当先追忆了染色质修饰技巧的发展历程,包括基于酶象征的DamID,基于MNase切割的chEC-seq方法,以及基于Tn5标签插入技巧的CUT&RUN和CUT&Tag。他的课题组在先前CUT&Tag技巧基础上开导了全自动的操作平台,通过调整SDS浓度以及减少富集纯化设施,已毕了一管全程反应在一天内完成。基于该平台,他们探索了白血病中KMT2A作用H3K4me3修饰的机制。同期为了接头组卵白多重修饰,他们课题组开导了Multi-Tag方法,已毕了同期在细胞内检测多种修饰的存在。终末,Steve种植先容了最新在《当然·方法》著述中发表的RT&Tag方法,该方法不错检测卵白与RNA互相作用的图谱,以此接头包括果蝇RNA结合卵白在内的各式卵白与特定RNA的互相作用机制。

  来自BIOPIC&ICG的谢晓亮种植作念了题为Single-cell 3D Genome Determination with Kilobase Resolution Reveals Transcription Elongation Loops的答复。答复围绕他们坚决到的一种新的染色质细巧结构—转录蔓延环进行,按坚决、单细胞剖判、特征分析、形成机制和生物学影响的律例张开了先容。他当先先容了其实验室发展的高分辨率单细胞染色质三维结构接头技巧—单细胞Micro-C,并用此技巧接头了转录蔓延环形成的动态过程。接着通过使用高分辨率染色质三维结构技巧Micro-C发现拓扑异构酶扼制后下调的基因存在私有的转录蔓延环—从基因转录肇始位点蔓延到转录休止位点,这种环往时发生在高抒发的长的基因中。随后他们解释此结构是染色质结构督察复合物cohesion介导的环挤出过程依赖的,何况只消拓扑异构酶2对转录蔓延环的督察是必须的。终末,他们将此结构通过影响RNA团聚酶的轮回来调控基因转录能源学,有转录蔓延环的基因有着更高的爆发频率。

  

  来自University of California, San Diego的Bing Ren种植先容了如何哄骗单细胞表不雅基因组学技巧来坚决细胞类型特异的顺式调控元件,从而敬佩疾病和表型特征揣度的GWAS非编码变异可能影响的细胞类型和靶基因。他当先对其课题组发展的单细胞表不雅基因组学、多组学技巧和分析算法作念了综述。随后,他共享了其课题组本年发表《细胞》杂志的一项接头后果。他们通过整合其实验室生成的成东谈主和已发表的胚胎染色质盛开性图谱,坚决到222类细胞类型中共120万个调控元件,并结合通过GWAS坚决的疾病和特征关联的变异位点,发现了被影响的细胞类型和靶基因。在答复终末,他先容了未发表的东谈主类大脑染色质盛开性图谱的职责,通过全面的染色质盛开性图谱,他们坚决到了神经系统疾病影响的神经和胶质细胞类型。

  

  来自University of Washington的Jay Shendure种植论说了其课题组高通量单细胞技巧的开导和应用进展。自2015年起,Shendure课题组在不同组学中建树起基于分散-搀杂战术的高通量单细胞象征方法。基于该系列方法,课题组奋发于绘图从线虫到东谈主类等不同物种的全个体细胞图谱。在接头小鼠9.5到13.5天胚胎单细胞转录组的课题中,课题组整合了来自不同文件、不同技巧的转录组数据,以推演细胞在不同天数下的发育旅途和要害转录因子。同期,Jay Shendure种植和多个课题组配合,剖判了22种基因突变对小鼠13.5天胚胎发育的影响,举例在Ttc21b敲除的小鼠中,视网膜神经的细胞类群简直一谈隐藏,体现了细胞比例的改变,在抒发变化的分析中可检测到Sox9等转录因子在间充质干细胞发育中的动态变化。

 

  来自Stanford University的William Greenleaf种植先容了他在单细胞染色质可及性的方法开导与应用后果。为了接头增强子开关对基因抒发的调控作用,他自2013年起开导及不停改进scATAC-seq技巧,并初次在造血干细胞发育谱系中应用该技巧。该数据闭幕标明,染色质可及性随细胞分化和基因抒发的改变而改变,何况整合scATAC数据与scRNA数据可增强细胞的离别效果。近期他的课题组将该技巧进一步应用于接头结直肠癌从息肉到癌肿的演变过程,发现尽管不同病东谈主间存在异质性,单细胞染色质可及性的拟时代序列仍不错很好响应肿瘤的发展进程。此外,Greenleaf种植还奋发于解释普通的未知意旨的突变对细胞抒发调控的影响,他在自闭症和东谈主类胚心接头中初次将新突变位点、染色质现象以及基因抒发进行了整合分析,系统性地揭示了这些早期突变对发育揣度基因调控的影响。

 

  来自École Polytechnique Fédérale de Lausanne的Bart Deplancke种植先容了其团队在单细胞多模态分析中开导的新用具。他当先先容了DisCo技巧。面前基于微流体的scRNA-seq仅限于具有无数细胞的样本,单个小组织样本无法得到灵验处理。Disco技巧将液滴技巧和诡计细胞的处理相结合,通过微流体阀门松手流量,借助机器视觉进行芯片的监控,已毕了高效的低通量细胞处理,可应用于肠谈组织的异质性接头等。随后他先容了最近开导的Live-seq单细胞转录组分析方法。已有的单细胞组学技巧需要对细胞进行分离,进犯了对归拢细胞的进一步分子和功能分析。Live-seq使用流膂力显微镜,在活细胞中索要超微量RNA,同期保握细胞的生计才略,从云尔毕将细胞的转录组与卑劣分子或表型行动耦合。Live-seq不错已毕scRNA-seq从端点分析到时代分析的转变,有望惩办更普通的生物学问题。

  

  来自Karolinska Institute的Rickard Sandberg种植当先追忆了其课题组多年来开导的Smart-seq系列全长单细胞转录组测序技巧。比拟于面前普通应用的基于液滴的scRNA-seq技巧,Smart-seq不错拿获更多的完整转录本,对接头等位基因抒发等问题具有昭着上风。同期,剖判等位基因的孤苦抒发现象为接头“转录脉冲”(transcriptional bursting)的能源学特征提供了可能。Sandberg 课题组对Smart-seq系列技巧进行了进一步的优化,开导了名为NASC-seq2的方法,通过4sU象征在总RNA中离别了更生RNA。通过用该方法对原代成纤维细胞的转录组测序,他们试图回应转录过程的几个基本问题:1. 转录脉冲的能源学特征是怎样的;2.等位基因之间的转录脉冲是否具有揣度性;3. 是否存在相近基因转录的“共脉冲”(co-bursting)。尽管NASC-seq2 是高效智谋的单细胞测定更生RNA的方法,初步的数据分析并不复旧等位基因或者基因之间的共脉冲兴奋。另外,Sandberg 课题组通过优化Smart-seq实验条目和设施,开导了更高效智谋的单细胞RNA测序方法Smart-seq3 Express。

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  来自Hong Kong University of Science and Technology的Angela Ruohao Wu种植简要先容了其课题组与Stephen Quake等课题组配合的单细胞图谱职责及遑急发现。随后她主要先容了其实验室开导的单细胞DNA-RNA多组学技巧——scONE-seq。Wu种植合计单细胞多组学技巧对融会癌症发生发展具有遑急意旨。比拟之前发表的技巧,scONE-seq具有更高的通量,适用于更多种类的组织(尽头是冰冻组织),实验操作相对愈加简便。scONE-seq在RNA层面粗略精准的鉴识细胞类型特异抒发基因,并通过scDASH方法去除了核糖体RNA,使之愈加经济。在DNA层面,scONE-seq不错准确检测拷贝数变异。Wu 课题组利用该方法在冰冻2年的样本中鉴识出了类正常细胞的星型胶质瘤克隆细胞群,其在RNA水平上和正常星型胶质细胞较为相同,然则在DNA水平有大片断的拷贝数变化。据此,Wu 课题组当先已毕了在胶质母细胞瘤中将基因型与表型皆集分析,之后会在这一方面进行进一步的探索。

  来自浙江大学的郭国骥种植共享了其课题组在单细胞水平对细胞接头的紧要进展。是否能字据基因型推断表型?是否不错已毕从面貌性接头到展望性接头?他的课题组奋发于用单细胞技巧,说明细胞类型的数目及转变机制,以法子化细胞的分子细胞生物学特征。他们开导了微孔测序技巧,该技巧具有交叉混浊率低、通量高的特色。哄骗这项技巧,他们接头了东谈主类、小鼠、果蝇、斑马鱼、非洲爪蟾蜍、欧洲红蚯蚓等物种的细胞构成谱,发表了数篇论文。此外,他的课题组2020年在《当然》杂志上答复了基质细胞新亚型的发现。他们还发现,在小鼠等五个物种的一世中,线粒体的代谢是跟着软弱握续下调的。为了接头调控细胞类型的成分,他们还接头松手细胞谱系运道的决定成分,以及解读从基因到细胞轨迹的一个常用深度学习模子。

  来自Baylor College of Medicine的Chenghang Zong种植主要先容了其在全长RNA测序界限最新的未发表后果。Zong种植团队在MATQ-seq的基础上,结合SMART-seq方法开导了名为SMART-MATQ的新方法。基于该方法,团队探索了HEK细胞系细胞周期的细胞抒发谱死别。全长RNA有助于检测细胞内含子及外显子的散布,因此稳当于RNA velocity的分析。基于拟时代谱系分析,可使用TradeSeq算法算出各阶段细胞周期的特征抒发基因。该接头发现了三类相反细胞周期基因,一类是练习RNA相反,暗示可能在转录后调控;一类是未练习RNA相反,暗示在转录层面有相反;第三类是两者兼有。其中,第一类基因备受瞩目,其富集在染色体结合和微管拼装的过程中;第二类基因则散布普通,在mRNA安祥性、DNA诞生及RNA代谢合成通路中各有模组。一些遑急的RNA结合卵白可能在这个过程中起到遑急作用。

  来自California Institute of Technology的Long Cai种植先容了面前空间组学技巧中仍是还存在的一些问题,举例空间分辨率会随细胞类型而发生变化,以及面前荧光原位杂交技巧的荧光数目还比较有限等。基于这些问题,Long Cai种植提议了新的技巧seqFISH+,这种技巧通过加多每轮成像编码数目以及荧光成像通谈,大大升迁了编码容量,从云尔毕超分辨的上万种基因的超多元成像,同期不错检测转录本在亚细胞水平的散布以及邻近细胞之间的位置互作,何况能检测不同的细胞类型,这对于构建空间细胞图谱提供了相等有劲的用具。终末,Long Cai种植先容了MEMOIR,一种读取细胞的历史和谱系图的方法,粗略用来重建细胞谱系树,匡助咱们进一步融会发育和细胞分化。

 

  来自 Yale University的Rong Fan种植当先追忆了空间组学的发展历史,他说到现时空间组学在空间转录组之外的其他界限发展空间还很浩荡。他先容了Spatial-ATAC-seq技巧,该技巧利用空间条形码技巧,通过Tn5转座等技巧进一步对染色质可及性在所有这个词这个词基因组法子进行了空间分辨测序,与多细胞ATAC-seq有很高的契合性。通过Spatial-ATAC-seq,Fan课题组胜仗已毕了对小鼠胚胎细胞类型的坚决以及东谈主体扁桃体B淋巴细胞在空间上的动态变化的检测。终末,Rong Fan种植先容了spatial-CUT&Tag技巧,已毕了在空间水平检测表不雅遗传修饰。通过这么的技巧,胜仗构建了小鼠胚胎的空间组卵白修饰图谱,检测到了多种器官特异性细胞类型,这一系列职责为空间组学提供了新的视角和观点。

 

  来自 University of Pennsylvania的 Ning Jenny Jiang种植先容了她们团队开导的TetTCR-SeqHD技巧过火应用。抗原特异性对于T细胞的功能至关遑急,然则T细胞对应的抗原特异性信息在现存的单细胞分析过程中时时是缺失的。Jiang种植团队开导的TetTCR-SeqHD方法粗略在单细胞水平上同期检测T细胞的抗原特异性,T细胞受体(TCR)序列,基因抒发以及细胞名义卵白抒发水平,何况该方法检测抗原特异性的精度跳跃98%。基于TetTCR-SeqHD方法, Jiang种植团队分析了一型糖尿病患者体内CD8 T细胞的特征。与健康对照组比拟,糖尿病患者体内显耀富集粗略识别一型糖尿病揣度抗原的CD8 T细胞。此外,她的团队也不雅察到了免疫交叉反应(cross-reactivity)的兴奋,即一些与糖尿病抗原揣度的CD8 T细胞克隆也粗略识别特定的微生物抗原。TetTCR-SeqHD这一技巧的出现会进一步加速对于T细胞的了解。

 

  来自BIOPIC&ICG的黄岩谊种植先容了其团队最新的两个基于测序技巧开导的职责:基于荧光发生的新测序方法Bit-seq以及基于高效稀释编码的原位测序方法SPRINTseq。测序中一个紧要的挑战是测序轮数增多陪同而来的失相问题,黄种植团队通过简并测序(M:A/C,K:G/T)得到简并的二值化DNA序列,并通过比对基因组得到原始的序列信息,由于每一种简并碱基在一轮反应中前进的进程不同,通过匹配不错进行失相的改进,同期该测序方法有较高的测序效劳。在第二个职责中,黄种植的团队利用开导了一套抗拥堵的原位测序的技巧SPRINTseq,通过设想一套高度正交的条形码序列,不错进行信号的纠错和去类似;此外团队利用多个脉络的信号稀释,最终达到了10%的稀释比例。借助于改进的实验历程和高效的SBS原位测序,在15小时内完成了小鼠全脑切片样品中诡计基因的空间转录组的检测,得到了113,625个细胞108个基因的36,414,120个转录本的亚微米级分辨率的空间信息。终末,他还先容了通过SPRINTseq分析得到的疾病中细胞及转录本亚细胞散布的变化,及由此带来的遑急启发。

 

  来自BIOPIC&ICG的汤富酬种植答复题目为Single cell omics sequencing technologies: the next generation。汤教讲课题组早期建树了多种单细胞测序技巧。他先容了利用单分子测序平台对单细胞测序技巧进行的创新。不同于二代测序,下一代单细胞测序技巧以冲突性的读长著称,从而在单细胞转录组、基因组和表不雅组测序上阐扬出了一系列上风。对单细胞转录组,长读长测序坚决出了更多的可变剪切转录本,高效地坚决了单个细胞抒发的T细胞受体基因,离别了假基因和母基因的抒发。对单细胞基因组,建树读长中位数在6 Kb的文库使得结构变异的检测变得准确而全面,也使得利用少许单细胞拼装基因组序列成为了可能。对于表不雅组,汤种植在染色质可及性界限率先进行了探索,利用长读段拿获Tn5酶可及性染色质位点,何况在此基础上分析了纯合位点的等位基因特异性的染色质可及性,揭示了共盛开兴奋,同期检测了基因组结构变异。一言以蔽之,汤教讲课题组通过开导下一代的长读长单细胞测序技巧,迈上了探索单细胞组学“暗物资”的征途。

  来自BIOPIC&ICG的张泽民种植共享了免疫诊疗过程中肿瘤微环境的动态变化接头。肿瘤微环境中的复杂性,取决于其构成、细胞运道、荒谬功能、细胞间互相作用、空间结构、时代动态、临床揣度性和异质性。他的课题组发现,肿瘤中的LAMP3+树突状细胞是练习的树突状细胞,具有向肝淋迎合迁移的潜在才略。他们还发现,CXCL13是响应肿瘤的T细胞上的符号物,通过对肺癌、乳腺癌等的接头,他们提议了用CXCL13的抒发水平,识别免疫检查点阻断(ICB)诊疗前后肿瘤微环境中肿瘤抗原特异T细胞的方法,坚决了肿瘤特异CD8T细胞的不同分化现象过火特征,发现ICB诊疗不错握续相易CXCL13+CD8T细胞的增多,从多癌种水平揭示了ICB在细胞层面上的作用机制。

  来自北京师范大学的王晓群种植先容了他们用空间多组学接头东谈主类小脑发育的最新职责。借助测度整合的空间染色质可及性和空间转录组,他们绘图了小脑发育中细胞运道决定的转录因子过火可及性的图谱,并发现小脑中不仅不同位置的祖细胞阐扬出相反的基因抒发谱,发育中的神经元,如浦肯野细胞和颗粒细胞,也泄漏出时空特异性的分子特征。此外,通过跨物种分析,他们发现了只在东谈主类中出现的私有细胞亚型,以及在东谈主的浦肯野细胞中特异抒发调控其分化和迁移的因子——RORB。终末,他们发现已被报谈的东谈主类特异性基因ARHGAP11B不仅不错促进大脑皮层的推广和折叠,在东谈主小脑的菱唇祖细胞中也高度抒发。而在小鼠的小脑中抒发ARHGAP11B会促进颗粒细胞和小脑皮层推广的加多,以及更复杂的折叠结构。

  

  来自Hubrecht Institute的Alexander van Oudenaarden种植先容了利用单细胞更生DNA测序揭示了基因组复制的加速率揣度接头进展。通过分选合成期细胞何况象征更生DNA进行单细胞测序,这项职责检测到的复制叉与此前基于拷贝数坚决的相吻合。为卓著到复制叉移动的速率,接头者利用两次时代间隔可控的EdU给药脉冲向更生DNA引入时代信息,从而字据复制叉在固定时代内的移动距离,测度出了复制叉的移动速率。利用拟时代分析法拟合单细胞的合成期完成度,这项接头发现跟着合成期接近尾声,复制速率不停加多,意味着DNA复制叉的移动存在加速率。另一方面,这项接头发现转录步履会酿成DNA挫伤,从而减缓DNA复制的速率。当敲除DNA挫伤诞生基因XRCC1之后,由于DNA挫伤的累积,DNA复制速率将会放慢。这时,淌若使用扼制剂阻断PARP开释的DNA挫伤警报,细胞则会忽略DNA挫伤不绝复制,使得复制速率在一定程度上复原。

  来自Harvard University的David Weitz种植先容了其团队利用Mcs RNA-seq和Microbe-seq这两种技巧分别从转录组和基因组方濒临微生物群落进行接头的最新进展。在此之前,宏基因组因智谋度有限而无法揭示菌株之间的相反。单细胞微生物测序利用微流控液滴技巧显耀升迁了单细菌测序的通量和效劳。Weitz种植当先先容了Mcs RNA-seq技巧的两点上风:1)利用N6立地引物代替polyT引物来进行回转录;2)基于Cas9的rRNA去除技巧。接着Weitz 种植团队将Mcs RNA-seq应用于环丙沙星处理的大肠杆菌,揭示其在不同时代处理过程中基因的变化。然后Weitz种植先容了Microbe-seq方法,其亮点在于应用了微流控液滴交融技巧的四部分装配和生信分析历程。该装配的各部分先后谨慎单细菌分离、扩增、打断和添加编码引物。对于生信分析历程,Weitz种植先容了其先拼装离别物种再利用SNV离别菌株的旨趣。终末Weitz种植先容了他们利用Microbe-seq方法对东谈主体肠谈菌群的接头,其中包括他们发现从中发现的新物种,微生物群落中的水平基因逶迤收罗和噬菌体-宿主互作。

  来自Weizmann Institute的Amos Tanay种植先容了他在转录组细胞图谱接头的进展。Tanay课题组始终关注发育过程中单细胞图谱的谱系发育情况,传统的分析包含二维的降维聚类图谱,寻找特征基因以及定量统计RNA的散布。为了更好不雅察细胞现象并体现生物意旨,Tanay课题组开导了MCProj方法来投射更生单细胞数据到已有的细胞图谱上;比拟于其他方法,该方法领有较好的比对效劳,更能发现新的细胞类群。自2019年以来,课题组在小鼠原肠胚单细胞转录组数据上进行了普通深刻接头,利用metacell拟合的拟时代序列与竟然取样时代高度吻合,同期发现了不同细胞类型在发育谱中的不同发展模式。在此基础上,课题组结合兔原肠胚实验数据,基于同源基因的metacell投射方法,他们发现兔和鼠在原肠胚时期高度一致,相宜早前的发育进化“漏斗”模子。该接头仍在进行之中,将为不同物种和实验中的数据整合分析提供更有劲的用具。

  来自BIOPIC&ICG的呐喊接头员先容了使用生成式深度神经收罗模子整合单细胞多组学数据,并推断基因抒发调控收罗的测度方法。单细胞测序数据具有高噪声、信息量丰富、数据界限大等特色,要求测度模子具有高安祥性、可解释性且容易扩展到大数据集。他们课题组发展了GLUE方法用于多组学数据整合分析,利用生物学学问构建携带图,然后摄取深度生成模子在多组学数据集上检修,得到不同组学数据在细胞类型的共同暗示,在scRNA-seq+scATAC-seq的整合任务上取得最优效果。GLUE不错用于推断基因抒发调控联系,何况其运行时代随数据界限的增长是亚线性的,具有很好的适用性。他们还在GLUE的基础上进一步开导了充分利用可能存在的部分细胞配对组学数据的CLUE模子,以及履行到空间组学整合分析的SLAT模子,在多项整合分析任务上取得了比Seurat等现存方法更好的闭幕。

  来自BIOPIC的曹云龙副接头员作了题为High-throughput bisulfite-free DNA methylation and hydroxymethylation sequencing at single-cell level的答复,先容了团队开导的基于酶学转变的单细胞DNA甲基化与羟甲基化测序技巧。该方法不依赖重亚硫酸盐反应的特色极地面减少了DNA挫伤,升迁了基因组遮掩度。他们利用该技巧分析了小鼠早期胚胎发育过程中的甲基化与羟甲基化动态变化,同期展示了亲本相反化的去甲基化模式。答复还先容了在此前技巧基础上开导的高通量、低资本的单细胞DNA甲基化与羟甲基化测序方法,并暗示他的团队正在利用该方法开展针对哺乳动物大脑的甲基化与羟甲基化图谱接头职责。

  两天的会议精彩纷呈,学者们的学术答复深刻浅出,既共享了单细胞界限的最新科研后果,又展示了单细胞界限的技巧新冲突,参会不雅众奋勇提议的问题得到了竣工解答。研讨会在垂危有序、是非活跃的氛围中告捷结束。

  本次研讨会得到百奥智汇、10x Genomics、因好意思纳、安升达的荒诞复旧三上悠亚 在线av。